La construcción de este templo comenzó en el año 1571, cuando se fundó el primer convento de monjas. Su fundador fue don Francisco Salguero y su esposa.

En esta capilla hay altares tallados y cuadros antiguos de Santa Clara y de San Bernardino de Sena; igualmente obras de los pintores Vásquez Arce y Ceballos entre otros.

El Templo de Santa Clara La Real es célebre por la celda de la Madre Francisca Josefa de la Concepción del Castillo y Guevara, la Madre Castillo, considerada la mejor escritora mística de la época hispánica.