Hacia el año 1630 se inicia la construcción de este templo bajo la dirección del padre José de Tovalina. Inicialmente ubicada al lado del lugar donde  hoy se encuentra el Colegio de Boyacá, El altar mayor es tallado en madera; La fachada ostenta trabajos en piedra de símbolos o emblemas religiosos y se consideran obras de principio del siglo XVIII. El plano de la Iglesia es semejante a la de Bogotá, ( San Ignacio).

Por ley de 1881 la Asamblea de Boyacá cedió este Templo a la Parroquia de la Catedral, pues se venía considerando como parte del edificio adyacente de la antigua compañía de Jesús, que hizo propiedad del Gobierno.

actualmente funciona como sala de conciertos y es administrada por el ICBA.