El 20 de Octubre de 1822, el Vicepresidente Francisco de Paula Santander instaló oficialmente el Colegio de Boyacá y le asignó como sede el convento de San Agustin, en el lugar donde funciona actualmente la Biblioteca "Alfonso Patiño Roselli", del Banco de la republica.

Para el año de 1825 se establecen las Cátedras de Derecho Civil ,Medicina y Derecho Canónico; igualmente se crea la Educación Primaria con el método Lancasteriano en la Educación. En un principio se nombró como Rector el presbítero Dr. José María Ramírez del Fierro, cura de Pueblo Viejo, mediante el Decreto del 5 de septiembre de 1822; pero, este clérigo no aceptó, por lo cual se nombró como Rector en propiedad, al franciscano Su primer Rector fue el franciscano José Antonio Cháves, los siguientes cargos en el organigrama fueron nombrados por el gobierno nacional.

En el año 1827 se fundó la Universidad de Boyacá en el que fuese el Claustro de San Agustín, la cual inició sus labores en 1828.

POr medio del decreto del 5 de enero de 1828, El Libertador Simón Bolívar organizó la Universidad de Boyacá, que comienza labores con las carreras de Jurisprudencia y Filosofía y Letras; luego se crearon las carreras de Ingeniería, Medicina,  Artes y Oficios y Ciencias Naturales.